动物研究所历史悠久，人才辈出，贡献卓著。
1962年由昆虫研究所和动物研究所合并成为目前的动物研究所。动物研究所现在拥有三个国家重点实验室，即计划生育生殖生物学国家重点实验室、农业虫鼠害综合治理研究国家重点实验室、与清华大学和北京大学联合的生物膜与膜生物工程国家重点实验室；打造了动物生态与保护生物学院重点实验室和动物进化与系统学所级重点实验室；有样本量达580万余的动物标本馆；还打造了国家动物博物馆，与海量的野外察看研究台站和基地。研究所主要定位在围绕农业、生态、环境和人类健康及其人与自然协调并存等方面的重大需要和科学问题，在珍贵濒危动物保护、有害动物控制、资源动物可持续借助、动物疾病预警与防控、生殖与发育生物学、动物系统学和进化生物学等范围拓展基础性、前瞻性、策略性研究。动物研究所在2025年全国一级学科生物学学科评估中整体水平排名第二，2025年全国一级学科生物学学科评估中整体水平排名第五，在2025年及2025年获得全国出色博士后流动站荣誉称号。
1981年，国务院学位委员会批准动物研究所为国内首批具备博士、硕士学位授与权单位；1987年获准拓展具备研究生毕业同等学力的在职职员理学硕士学位、博士学位资格授与工作；1988年经全国博士后管委会批准打造博士后科研流动站；1994年获准为博士生导师自行评定单位；1997年、2000年先后两次被评为中国科学院博士生重点培养基地；1998年被国务院学位委员会批准为一级学科（生物学）博士、硕士学位授与权单位；2025年，动物研究所生态学获得北京重点学科建设资助；2025年，生态学、动物学、发育生物学、细胞生物学四个学科被中科院评为重点学科。
2025年，增设生物工奥创士培养点；2025年，又成功增列生物医学工程、免疫学、病理学与病理生理学三个学术型硕士培养点。现有在学研究生600多人。

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